Fondé à la mi-1977 à Dublin, il furent un temps considérés comme « le groupe rock le plus ouvertement subversif » (Mark Pr endergast, « Irish Rock »). Il bâtirent leur réputation sur des prestations scéniques et leurs looks extrêmes et outrageux. Guggi le blond arborant un superbe iroquois et une robe de femme, et une musique assez fascinante dénotent un goût certain pour une folie contrôlée, une tentative pour renouer avec une sorte de naïveté enfantine. Durant leurs premières années, ils se concentrèrent sur les concerts, essentiellement à Dublin.

À la fin des années 1970, ils commencèrent à avoir de l'ambition et se mirent à sortir des disques. Le premier simple sort en 1980, et leur période la plus prolifique s'étendit sur les années 1981-82. Il sortirent notamment le projet « A New Form of Beauty », un album plus accessible « If I Die I Die » suivi, quatre mois après, d'un coffret vinyle 10" « Hérésie » chez le label français pionnier « Invitation au Suicide ».

Leur production musicale à cette époque fut décrite par Claude Bessy comme « un grand huit infernal passant par les moments les plus malveillants de Throbbing Gristle et de fortes doses d'expériences dissonantes dans le style des Stooges. »

À partir de 1983, le groupe se trouva affecté par leur important planning de tournées et le départ de membres influents du groupe, ainsi que le difficile accouchement de leur deuxième album, Sons Find Devils, plus esthétique. 1985 voit la sortie d'une vidéo rétrospective (titrée Sons Find Devils, bien que sans rapport avec l'album Sons Find Devils à sortir) et d'un album de raretés (Over the Rainbow).

Le groupe partit en tournée, et ne sortit l'album qu'au cours de l'été 1986, sous le titre final de « The Moon Looked Down and Laughed ».

Gavin Friday, leader du groupe (le brun) à cette époque, quitta celui-ci en novembre 1986, ce qui scella sa disparition. Celle-ci fut confirmée par un bref commentaire sur la pochette d'un album enregistré en public, « The Hidden Lie », sorti en 1987.

Gavin Friday a sorti ensuite plusieurs projets, seul ou en groupe, dont le plus connu contient ses duos avec Bono de U2, pour la bande originale du film In the name of the Father. Les deux groupes ont en effet toujours été très proches bien que la musique et l'approche des Virgin Prunes soit beaucoup plus ambitieuse et extrême. Le frère de Guggi, l'autre chanteur du groupe durant la première période, est le jeune garçon qui figure sur trois des pochettes de disques de U2.

D'autres membres du groupe sortiront plus tard quelques disques sous le nom "The Prunes".