Au départ un groupe pratiquement de true black metal, la formation a peu à peu évolué pour devenir un mélange de black/prog/symphonique metal. Le groupe est considéré comme un pionnier du black metal symphonique et comme un des groupes black metal qui a le plus percé.

Emperor débuta en 1991 avec Samoth (batterie/guitare), Ihsahn (guitare/chant) et Mortiis (basse). Précédemment un groupe de death metal, du nom de Thou Shalt Suffer, la formation adopta le look black metal et son nom actuel lorsqu'Ihsahn et Samoth rencontrèrent Euronymous aux alentour de 1991.

La première démo, Wrath of the Tyrant (1992), a rapidement obtenu de la popularité dans l'underground et attira l'attention de la maison de disques Candlelight. Le son de cet album est très crasseux, très necro. S'en suivit à la fin de la même année le désormais démo culte éponyme Emperor. Ce dernier contient notamment la pièce I am the Black Wizard, morceau qui dépasse aujourd'hui les frontières du black metal de par sa reconnaissance.

Peu après, le groupe signe un contrat (qui leur permet notamment de relâcher Emperor en split avec Hordanes Land, d'Enslaved), Samoth s'occupe désormais de la guitare, Ihsahn du chant/guitare et Bård Faust rejoint le groupe à la batterie. Mortiis quitte le groupe pour s'en aller dans son projet de musique ambiante et est remplacé par Tchort.

Emperor commence ensuite a travailler sur leur premier album complet, l'épique In the Nightside Eclipse, en été 1993. Le disque deviendra rapidement un classique du black metal et obtient dès sa sortie un énorme succès dans la scène underground norvégienne et anglaise. Le groupe, à ce moment commence à faire des spectacles dans ces deux pays.

Suite à une série d'événements dramatiques en 1992 et 1993 en Norvège (meurtres, incendies d'églises rapportés dans le livre Lords of Chaos, voir Inner Circle), Samoth est incarcéré pour incendie criminel et Bård Faust pour meurtre. Tchort est aussi pousser à quitter le groupe suite à une enquête policière (il ne sera jamais incarcéré mais ne reviendra plus dans Emperor). Le groupe est désormais en suspens, ne restant qu'Ihsahn en liberté, qui continue néanmoins à composer pour un éventuel prochain album.

Après la libération de Samoth, Trym Torson (ex-Enslaved) rejoint le groupe à la batterie ainsi que Alver à la basse et la formation se remet à rouler. Emperor lance ainsi Anthems to the Welkin at Dusk au début de 1997. Considéré comme étant un de leurs meilleurs disques, cet album offre un son plus complexe et progressif que leurs précédents efforts. L'usage du clavier est omniprésent, ce qui apporte une touche chaotique dans les compositions du groupe. La 5e pièce de l'album, The Loss and Curse of Reverence deviendra peu de temps après un videoclip, parmi un des premiers dans le black metal.

Plusieurs magazines spécialisés dans le metal extrême, tels Terrorizer (Royaume-Uni) et Metal Maniacs (États-Unis) décernent à Anthems to the Welkin at Dusk le titre d'album de l'année.

Alver quitte le groupe, peu de temps après la sortie d'Anthems. Le groupe réduit alors à trois membres (Ihsahn s'occupant de la basse), enregistre IX Equilibrium (plus orienté Death metal) et fait des tournées en Europe et aux États-Unis, où il forge sa réputation de leader de la scène black metal, aux côtés d'autres groupes norvégiens.

En 2000, Samoth et Trym décident d'aller davantage en direction du Death metal (formation du groupe Zyklon), pendant qu'Ihsahn explore les côtés plus artistiques et progressifs de la musique extrême, comme le démontre son projet Peccatum avec sa femme Ihriel. Le groupe décide de se dissoudre en 2001, après le lancement de leur album final, Prometheus: the Discipline of Fire and Demise, album composé entièrement par Ihsahn et qui adopte vraiment côté sonore le courant moins underground du black metal des années 2000. L'album est très progressif et il apparaît évident que le groupe n'a plus rien à voir avec ses sombres origines du début des années 90. Après cet album, la formation norvégienne parfois appelée "Kings of Black Metal" (Rois du Black Metal) se sépare pour des raisons personnelles et judiciaires, et par suite des divergences musicales déjà mentionnées.

Depuis lors, Samoth et Trym jouent toujours du Black/Death metal avec le groupe Zyklon et Ihsahn, après avoir sorti quelques albums pour Peccatum, s'est lancé dans une carrière solo. Samoth fait aussi partie du groupe thrash Scum où il officie au poste de guitariste, accompagné de Bård Faust, ancien batteur d'Emperor et relâché en 2004, et de Casey Chaos du groupe de punk rock américain Amen.

Le premier octobre 2005, le groupe prend tout le monde par surprise et annonce son retour sur scène, du moins pour quelques concerts. Entre autres, la formation apparaît en tête d'affiche au festival Inferno de Norvège, de même qu'au célèbre festival metal, le Wacken Open Air en 2006, ainsi que le Hellfest en France en 2007.

Aujourd'hui, la formation s'abstient de préciser si cette réunification n'était que pour quelques spectacles ou pour un éventuel nouvel album.