Autoproclamé « plus grand bassiste du monde », technicien virtuose, il a eu une influence majeure sur le rôle de la basse électrique et son passage du rôle de simple accompagnateur à véritable soliste. Pat Metheny dit de lui qu'il est « le dernier jazzman du XXe siècle a avoir influencé les générations suivantes »

John Francis, dit Jaco, Pastorius naît en 1951 en Pennsylvanie. Son père, musicien professionnel (batteur et chanteur) est d'origine allemande et sa mère d'origine finlandaise. Il a 7 ans quand sa famille s'installe en Floride. C'est là que Jaco passe son enfance et s'imprègne de toutes les musiques qu'il peut entendre (musique des Caraïbes, jazz, Rhythm and Blues, rock...).

Il est allé à l'école élémentaire à la St. Clement Catholic School, puis au lycée au Northeast High à Oakland Park. Athlète doué, il a pratiqué de nombreux sports, dont le football américain, le basket-ball, le baseball. Il semble que son arrogance lui ait valu des déboires assez tôt : à 13 ans, il fut pris en embuscade par un joueur de football énervé contre lui, ce qui lui laissa un poignet brisé, et affecta conséquemment sa capacité à jouer de la batterie.

Il s'initie au piano, à la guitare et même au saxophone. À 15 ans, après une nouvelle opération au bras, il adopte définitivement la basse. Il utilise une basse fretless qu'il s'est bricolée à partir d'une Fender Jazz Bass 1962 en en enlevant les frettes, en recouvrant le manche de plusieurs couches d'un vernis epoxy et en y adaptant des cordes à « filets ronds ».

Il débute dans des orchestre locaux, notamment « La Olas Brass », un groupe de cuivres de neuf musiciens, qui faisait des reprises d'Aretha Franklin, Otis Redding, Wilson Pickett, James Brown et le Tijuana Brass : le bassiste David Neubauer étant parti, il prit la place et commença son ascension irrésistible de bassiste légendaire. Il joue, un temps, sur des bateaux de croisière (il va croiser les musiciens des Wailers et découvrir le reggae en Jamaïque). Il fait une très longue tournée avec les C.C. Riders (alias Cochran's Circuit Riders), le groupe du chanteur Wayne Cochran. Pastorius considérera toujours cette tournée comme la période la plus heureuse de sa vie.

Jaco Pastorius est un musicien clé dans l'histoire de la guitare basse. À l'instar de Jimi Hendrix pour la guitare ou de Charlie Parker pour le saxophone, Pastorius a révolutionné l'approche de son instrument. Par sa virtuosité, son inventivité, son sens du groove, son exploration de toutes les ressources de l'instrument (rythmiques, mélodiques, harmoniques, etc., mais aussi des spécificités des instruments « amplifiés »: larsen, utilisation de pédales d'effets, il a inspiré des milliers de bassistes. Il y a un « son Pastorius » qu'on retouve encore aujourd'hui chez de nombreux musiciens.

Plus largement, Jaco Pastorius a apporté au jazz un vent de folie (il n'est pas innocent qu'une de ses compositions soit titrée « Punk jazz ») jusqu'alors étranger à ce style de musique. Il fait une magnifique prestation sur "black market" lors d'un concert à la Stadthalle à Offenbach (Allemagne).

Pastorius était aussi un compositeur remarquable. On lui doit des titres qui sont devenu des standards de jazz : « Continuum », « Portrait of Tracy », « Three views of a secret », « Teen town », « Liberty city », « Reza », « Used to be a cha cha », « River people », « Opus pocus », etc.

Pastorius était surtout connu pour son utilisation de deux basses Fender jazz du début des années 1960. Il y en avait un modèle avec frettes, l'autre sans : le modèle fretless avait été élaboré par ses soins, grâce à son habileté artisanale. Notamment, la basse fretless qu'il s'était construite lui permettait des jeux plus rapides.

Il fut l'un des premiers bassistes à utiliser les contrôles d'equalizer pour remonter la puissance des fréquences moyennes, accentuant ainsi le rendu déjà très "rond" de sa Fender fretless. Il utilisait aussi l'effet Delay MXR (qu'on peut entendre sur son solo avec Weather Report, "Slang", où il met en boucle un petit riff avant de jouer un solo par-dessus). Cet effet lui permettait de créer également un son très particulier, doublant les notes quand il réglait le delay au minimum. Il utilisa plus tard une pédale Chorus et un Octaver (notamment dans les sessions avec Biréli Lagrène, en 1986). C'était également un maître sans précédent de l'utilisation des harmoniques naturelles et artificielles (particulièrement dans Portrait of Tracy), ce qui lui permettait d'obtenir des effets sonores proches d'un carillon. Les harmoniques sur basse fretless étaient considérées auparavant comme quasiment impossibles[2].

Ses deux basses de 1962 ont été volées peu après son entrée à l'hôpital de Bellevue, en 1986 ; elles ne furent jamais retrouvées. Il possédait aussi deux basses Jaydee conçues pour lui peu avant sa mort. À la fin des années 1990, une personne a prétendu les posséder en essayant de les vendre sur ebay, mais la vente fut annulée en raison des protestations des fans.

Peter Erskine, ancien batteur de Weather Report et sideman émérite avec Don Alias (percussionniste) de Jaco rapporte sur les commentaires de l'album "30th anniversary" qu'il travaillait énormément son jeu scénique (cf. son morceau "Slang", où il jouait son dernier accord en sautant à pieds joints sur sa basse notamment en saupoudrant la scène de talc pour lui permettre de pivoter plus vite sur ses pieds (ce qui énervait passablement Joe Zawinul à la longue). Cette épisode démontre que Jaco, non content de soigner sa virtuosité et de composer/arranger parfaitement, tenait à un jeu scénique unique pour caractériser son génie musical, à l'instar d'un Jimi Hendrix.

.