Lee Morgan commence sa carrière dans l'orchestre de Dizzy Gillespie à l'age de 18 ans. Il y reste durant deux ans. En 1956 il commence à enregistrer en tant que leader, principalement pour le label Blue Note. Il enregistre près de 25 albums pour ce label. Ses influences principales sont Clifford Brownet Dizzy Gillespie.

Il apparait également dans divers album de Hank Mobley, John Coltrane (Blue Train), les Jazz Messengers d'Art Blakey, Jimmy Smith, Wayne Shorter et Andrew Hill. Il est devenu célèbre grâce à son album : The Sidewinder en 1963. Dans ses albums en tant que leader, il a joué avec les plus grands musiciens de hard bop: Wayne Shorter,Joe Henderson ou Jackie MacLean au saxophone; Bobby Timmons ou McCoy Tyner au piano; Art Blakey à la batterie... Son style est très caractéristique du son Blue Note des années 60: un quintet composé en général d'une trompette, d'un saxophone ténor(plus rarement alto ou baryton), d'un piano, d'une contrebasse et d'une batterie; un son funky, un style soul jazz. Sous bien des aspects, Lee Morgan représente le type même du musicien hard bop des années 60.

Lee Morgan a été tué par son ex femme. La légende veut que, un soir de concert, Lee Morgan, suite à une altercation avec son fournisseur d'héroïne, ait demandé à son ex femme de lui rapporter son pistolet. Lorsqu'elle arriva, elle trouva Lee Morgan en compagnie d'une autre femme. Une altercation s'ensuivit et Lee Morgan fut tué par son ex femme.