Figure de proue du mouvement rock industriel aux États-Unis, Ministry a influencé largement des formations subséquentes comme Nine Inch Nails, White Zombie, Marilyn Manson ou encore Rammstein. Le respecté magazine Alternative Press a déjà qualifié Jourgensen de grand-père de l'industriel.

Après un premier simple intitulé Cold Life qui paraît sur le tout nouveau (mais bientôt légendaire) label Wax Trax Records, Ministry signe sur Arista et sort un premier album intitulé With Sympathy (Work For Love en Europe) en 1983. Voulant s'éloigner de l'étiquette "électro-pop" de ce premier opus, Jourgensen retourne rapidement chez Wax Trax pour "retravailler" le son de Ministry. La tournée de 1984 avec les pionniers belges de l'électronique Front 242 a manifestement influencé Jourgensen qui prend une direction plus agressive avec des chansons comme Everyday is Halloween.

En 1985, après avoir mis sur pied son fameux projet des Revolting Cocks, Jourgensen signe sur le major Sire/Warner et produit le transitif Twitch l'année suivante avec l'aide d'Adrian Sherwood et Keith Leblanc. L'émergence triomphante de Ministry survient en 1988 avec la parution de l'album The Land of Rape and Honey, considéré par les spécialistes comme "l'année-zéro" de l'ère du rock industriel. Jourgensen mélange les guitares abrasives avec des échantillonnages provenant du cinéma culte sur un arrière plan de rythmes militaires et de hurlements. L'album défini un genre nouveau, unissant la pensée DIY (Do It Yourself) du punk rock aux technologies électroniques en pleine évolution. C'est également durant cette période que le bassiste Paul Barker (ex-Blackouts), le vocaliste Chris Connelly (ex-Fini-Tribe) et le batteur Bill Rieflin (ex-Blackouts) se joignent à Ministry.

Jourgensen, un héroïnomane notoire, a longtemps fait partie du fameux cercle de "l'élite junkie" de Chicago avec les William S. Burroughs, Timothy Leary, River Phoenix et autres. Dans les publications spécialisées, ses escapades folles ont fait sa renommée alors que les histoires abracadabrantes à son sujet se multipliaient. Un jour il entre avec son chopper dans le studio pour capter le son du moteur (Stainless Steel Providers) et une autre fois il enregistre un comparse qui s'étouffe dans ses vomissures durant une surdose (Breathe). Sans se soucier d'avoir mauvaise réputation, Jourgensen se compare lui-même à un "rollerball" et entretient vigoureusement son étiquette de mauvais garçon du rock alternatif.

En 1989 il se lie d'amitié avec le chanteur de Skinny Puppy, Nivek Ogre, un autre copain d'aiguille. Leur collaboration permet à Jourgensen de co-produire l'album Rabies de Skinny Puppy alors que Ogre participe aux enregistrements de Beers, Steers and Queers des Revolting Cocks et du mémorable The Mind is a Terrible Thing to Taste. En décembre, Ministry entreprend la tournée nord-américaine qui les fera entrer dans la légende. Jourgensen réinvente la notion de "super-groupe" en plaçant sur scène deux batteurs, un bassiste, trois guitaristes et une rotation bien garnie de collaborateurs aux claviers et aux microphones dont l'ex-Dead Kennedys Jello Biafra. Une clotûre en fer encercle la scène (semblable à une cage de lutte professionnelle) alors qu'inévitablement les spectateurs y grimpent pour se lancer dans la foule. Avec en arrière-plan un écran géant qui diffuse des snuff movies et des images de propagande, Jourgensen et sa bande offrent une performance "choc" rarement vue pour l'époque. Le concert de Chicago de cette tournée fut capté pour la vidéo et l'album en concert In Case You Didn't Feel Like Showing Up Live parut en 1991.

En 1991, Connelly et Ogre ne sont plus dans l'entourage de Jourgensen mais Barker et Rieflin sont toujours là. Ministry recrute alors Gibby Haynes des Butthole Surfers et Michael Balch de Frontline Assembly pour l'enregistrement de ce qui sera leur plus grand succès : Jesus Built My Hotrod. Inspiré du film de John Huston, Le Malin (Wise Blood), l'extrait est le meilleur vendeur de Warner cette année-là et le vidéo-clip est un "hit" sur MTV. L'album-concept Psalm 69 (1992) est rapidement certifié platine avec les fameux singles N.W.O. et Just One Fix. La popularité du groupe atteint des sommets et Ministry se retrouve en tête d'affiche de Lollapalooza en 1992.

Après la gloire, la descente aux enfers débute en 1993 alors que Jourgensen et Barker déménagent au Texas pour monter un studio et établir les bases d'un nouvel album. Plusieurs problèmes techniques minent le studio (qui est situé dans un ancien bordel) et l'endroit fait l'objet d'une descente de police en 1995, menant à l'arrestation de Jourgensen pour possession de drogues. Le duo retourne à Chicago pour compléter Filth Pig qui paraît enfin en 1996. L'album possède un son rock-métal plus conventionnel et est reçu froidement par les fans et les critiques.

En 1999 un collaborateur proche de Ministry, William Tucker, décède subitement et fait prendre conscience à Jourgensen de sa propre vulnérabilité. Il entreprend, d'une certaine façon, sa cure de désintox avec la parution de Dark Side of the Spoon (un nom très approprié). L'album passe presque totalement inaperçu malgré un extrait sur la trame sonore du film The Matrix et une nomination pour un Grammy (Bad Blood). Jourgensen se prépare à dissoudre le groupe en 2000 quand soudainement il reçoit un appel du cinéaste Steven Spielberg. Suivant les désirs du concepteur de A.I. Intelligence artificielle, le défunt Stanley Kubrick, Spielberg souhaite que Ministry joue dans le film. Le groupe offrira une étonnante performance avec What About Us? durant le "Flesh Fair", un derby de démolition de robots. What About Us parait sur le Greatest Fits de 2001, une compilation qui met fin au contrat de Ministry avec Warner.